Specializace Duchovní hudba, která v naší zemi existuje pouze na HF JAMU, vznikla především pro pozdvižení kvality chrámové hudby a pro větší uměleckou všestrannost hudebníků. Cílem studia je všestranně hudebně vzdělaný absolvent se schopností:

- navázat na svoje studium varhanní interpretace a improvizace při nácviku i náročnější varhanní literatury

- zastávat pozici chrámového varhaníka, případně vedoucího kůru, kde může uplatnit svoje zkušenosti s řízením sboru či souboru

- orientace ve varhanní literatuře potřebné k zajištění výuky

- základní pravidelné údržby svého nástroje a odstranění drobných závad

- výuky na školách uměleckého zaměření, kde uplatní svoje vzdělání v oborech varhanní

  interpretace, improvizace a dirigování

- vedení individuální a hromadné výuky

Specializace Duchovní hudba je postavena na několika povinných a povinně volitelných předmětech, které tvoří páteř tohoto programu. Prolínání specializací vytváří vhodné podmínky pro úspěšné uplatnění absolventů v praxi. Samozřejmostí je široká nabídka volitelných předmětů, které podle osobních preferencí studijní program vhodně doplňují.