Základním cílem magisterského studia činoherní režie je vychovat samostatné režiséry- umělce, kteří dokážou vytvářet na základě dramatického textu, ale i na základě původem nedramatických textů (tématu, námětu atp.) osobité jevištní dílo, v němž se uplatňuje jako dominantní prvek vlastní umělecká představivost a fantazie spolu se schopností vytvářet – za pomoci všech složek divadelní syntézy – strukturovaný jevištní tvar usilující o uměleckou výpověď a směřující k ní.

V magisterském stupni studia se prohlubuje schopnost analýzy dramatického textu a v důsledku toho i schopnost pronikavější a komplexnější interpretace dramatického textu a následného vytvoření dramaturgicko-režijní koncepce jevištního díla. Rozvíjena je rovněž tvůrčí schopnost studentů realizovat vlastní režijně-autorské projekty. Studenti vytvářejí v 1. ročníku studia samostatné projekty, které musí důkladně teoreticky připravit, poté je realizovat formu klauzurních zápočtů a nakonec výsledek znovu analyzovat a zhodnotit. Cílem je poznat a kriticky reflektovat vlastní tvůrčí metodu, její pozitiva i pochybení v konkrétní práci.

Během 1. ročníku pokračuje tvořivé poznávání postupů, metod a technik herecké a režijní tvorby současného divadla. Důležitým prvkem výchovy k režijnímu umění je práce s hercem jako nejdůležitější prostředek režisérova vyjadřování, jeho hledání umělecké pravdy, autenticity a bohatě strukturované postavy. Zvládnout všechny nuance v práci režiséra s hercem patří k nejtěžším složkám profese režiséra, a to jak v oblasti hledání uměleckých prostředků, tak v oblasti metodiky a psychologie vztahu režiséra a herce. Prohlubuje se spolupráce s dramaturgií a se scénografií; režisér se učí řídit celý tým divadelní inscenace a sjednocovat jeho směřování k jednotné a celistvé umělecké výpovědi.

V tomto procesu je postupně aplikována získaná suma vědomostí, jsou ověřovány naučené dovednosti i osobité, talentem dané umělecké vidění; všechny tyto prvky jsou pak propojeny do jednoho organického celku divadelní inscenace, k pokusu o uměleckou výpověď, k pokusu o vznik syntetického jevištního díla, jehož prostřednictvím poznává a polidšťuje člověk už po tisíciletí svět.

Vrcholem tohoto úsilí jsou inscenační klauzurní projekty v 1. ročníku studia a ve 2. ročníku absolventský inscenační projekt ve fakultním divadelním studiu Marta. V podmínkách podobných profesionálnímu divadlu si student 2. ročníku ověřuje svou schopnost vytvořit divadelní inscenaci. Druhý absolventský projekt může student realizovat v profesionálním divadle.

Po oba roky (především však v 1. ročníku) je studium paralelně provázeno přednáškami a semináři z oblasti nové světové dramatiky a divadla, přednáškami nebo semináři z teorie divadla a režie, stejně tak i seminářem práce s veršem nebo s novými médii. Student má možnost dotvářet si tuto část studia do jisté míry svobodně podle své orientace a samozřejmě v souvislosti s možnostmi školy (fakulty).

Důležitou součástí magisterského studia je absolvování studijní nebo pracovní stáže v zahraničí, případně stáže v některém českém profesionálním divadle.