Studijní magisterský program Hra na fagot připravuje na uměleckou dráhu budoucí profesionální hudebníky - sólisty, komorní i orchestrální hráče. Studium zahrnuje široký repertoár všech stylových období. Studijní program mohou navštěvovat rovněž budoucí pedagogové, kteří budou vyučovat na základních uměleckých školách, konzervatořích, hudebních gymnáziích a vysokých školách (hudebních akademiích).

V rámci dvouletého magisterského studia se bude posluchač JAMU také setkávat se zahraničními odborníky v oblasti hry na nástroj, komorní hry, dějin a literatury nástroje.