Magisterský studijní obor historická interpretace pojednává o stylové interpretaci staré hudby s ohledem na dobové principy a estetická pravidla. Obsahuje následující specializace: hra na cembalo a historické klávesové nástroje, historické housle, historické violoncello, historický kontrabas (violone), hra na historické příčné flétny, hra na historický klarinet, hra na historické trubky, hra na historický fagot. Tyto specializace jsou vyučovány na Katedře varhanní a historické interpretace. Obor navazuje na bakalářský stupeň studia.